El Colegio San Carlos de Aragon se encuentra ubicado en terrenos del antiguo fundo San Carlos, el cual se desarrolló a fines del siglo XIX y las primeras décadas del siglo XX. Este fundo perteneció al Sr. Carlos Cruchaga Tocornal, primer alcalde que tuvo la Comuna de Puente Alto.
La actual avenida San Carlos, donde se ubica nuestra sede Central, el Anexo y el Centro Deportivo, era el antiguo camino de entrada y vía principal de este fundo.
El nombre de San Carlos, es en recuerdo del sacerdote italiano Carlos de Borromeo, defensor de la Iglesia Católica y sus doctrinas, allá por el siglo XVI d.c cuando Europa vivía una gran división o Cisma religioso. Por sus servicios sería reconocido como un santo para la iglesia católica.

El colegio inició la construcción de su edificio principal en Septiembre del año 2000, inaugurandose su primera etapa en marzo de 2001 y la segunda etapa al año siguiente, quedando la sede principal con una capacidad para 1.600 alumnos, en 40 cursos desde Kinder a Tercera Año Medio.
Un hecho destacable fue el resultado obtenido por los cuartos basicos en la prueba Simce del año 2001, lo que posicionó a nuestro colegio entre los 15 mejores de la comuna (sobre un universo de 95 colegios).

El año 2003, el Colegio San Carlos decide crecer en infraestructura para poder acoger la alta demanda en educación presente en la comuna. En un terreno al frente de su sede principal, se inicia la construcción de la sede “Anexo” y del Campo Deportivo San Carlos, que incluye una cancha de futbol profesional y una piscina semi-olimpica. Estas instalaciones se inaugurarán oficialmente en marzo de 2005. Con esta ampliación la capacidad total de matricula disponible hoy en nuestro colegio supera los 2.800 alumnos, desde Pre-Kinder hasta enseñanza Cientifico –Humanista y Tecnico - Profesional.